Čečenský separatismus
Separatistické tendence, založené na klanech a rodech a také vyznávání islámu, probíhaly už ve druhé polovině 20. století a vyvrcholily v 90. letech. V listopadu 1991 byla vyhlášena nezávislost, v čele země stanul Džochar Dudajev. Země, která nepodepsala novou svazovou smlouvu, se v důsledku ruského ekonomického tlaku a emigraci Rusů ocitla v ekonomických problémech a chaosu.
Čečenskou autonomii zároveň nelibě nesl ruský prezident Boris Jelcin. Čečenci pod vedením Džochara Dudajeva v roce 1991 vyhlásili samostatnost a následný Jelcinův pokus Dudajeva zatknout neuspěl. Dudajevova se pokusili svrhnout i jeho političtí rivalové, ale byli poraženi a naopak on sám rozpustil parlament a zvýšil svou moc. V říjnu 1994 na Čečensko zaútočili stovky Moskvou vyzbrojených a vycvičených Čečenců a Ingušů, ale první i druhý jejich útok navzdory podpoře tanků a letectva Dudajevovi stoupenci odrazili. Jelcin vyzval obránce, aby se vzdali, a když odmítli, povolal armádu s úkolem „obnovit pořádek“. Nedošlo však na slova ministra Gračeva, že armáda rozdrtí čečenský separatismus během jednoho dne, nýbrž ruská armáda zabředla do dlouhého konfliktu, ve kterém byla nakonec poražena.
První válka
28. listopadu 1994 Rusové zahájili letecké bombardování, 6. prosince se Dudajev s Gračevem dohodli, že „se vyhnou dalšímu používání násilí“, ale obě strany pokračovaly v přípravách. Rusové narychlo shromáždili přes 20 tisíc mužů pozemních sil, jednotek ministerstva vnitra a zkušených pilotů, ale k útoku došlo až 11. prosince. Postup komplikovalo nepříznivé počasí, které omezovalo zapojení letectva a vysoká poruchovost vozidel. 26. prosince Rusové obklíčili hlavní město Groznyj a 31. prosince zahájili úder. Proti zhruba 6 tisícům vojáků však stálo zhruba 9 tisíc motivovaných obránců. Rusové utrpěli těžké ztráty na živé síly i technice (například ztratili 18 poměrně moderních tanků T-80), vzhledem k neúspěchům však místo stažení zintenzivnili své úsilí (zejména letecké bombardování) a vyslali posily včetně speciálních sil. 19. ledna 1995 byl dobyt prezidentský palác, ale Čečenci pokračovali v partyzánské válce a přepadech i na území Ruské federace. 21. dubna 1996 byl sice při náletu zabit Dudajev a úbytek partyzánských akcí ukolébal ruskou pozornost. Čečenci však připravovali překvapivý protiútok v Grozném, který v noci z 5. na 6. srpna prakticky celý obsadili. Když se Rusům během následujících dnů město nepodařilo ani za masivního bombardování znovu obsadit, rozhodli se jednat a 30. srpna 1996 byla podepsána mírová dohoda. Ta sice neřešila klíčové body, ale přiznala Čečencům určitou míru autonomie. Konec války proti společnému nepříteli však znamenal návrat k občanské válce.
Druhá válka
V srpnu 1999 po invazi islamistů do Dagestánu a bombových útocích v Rusku, připisovaných čečenským teroristům, ruská armáda zahájila druhou válku. Ruská armáda na rozdíl od první války shromáždila rozsáhlé síly asi 50 tisíc vojáků pravidelné armády a dalších 40 tisíc z Vojska ministerstva obrany a jednotek OMON (policejních jednotek speciálního určení), které pomalu a systematicky postupovaly na hlavní město Čečenska – Groznyj. Opatrnější postup, početní převaha a masivní podpora dělostřelectva a letectva vedly v únoru 2000 k dobytí města a následně v březnu celého území pod kontrolou povstalců. V květnu byla jmenována promoskevská vláda, zbývající až jednotky tisíc povstalců však nadále vedly partyzánskou válku a působily ruským silám těžké ztráty. Rusové reagovali represemi a postupnou likvidací povstalců, kteří se uchylovali i k teroristickým útokům v samotném Rusku, jež si i kvůli tvrdému postupu policie vyžádaly stovky civilních obětí.
Rusové však v boji využívali i podpory části umírněných čečenských představitelů, kteří přešli na stranu ruské vlády. Prezidentem Čečenska se díky tomu stal Ahmad Kadyrov, po úspěšném atentátu na něj v roce 2004 získal rozhodující vliv jeho syn Ramzan Kadyrov, který se stal oficiálně prezidentem v roce 2007. Rusové Kadyrovi výměnou za loajalitu paradoxně nabídli vysokou míru autonomie a štědrou finanční podporu. Antiteroristická operace, jak ji Rusové nazývali, oficiálně skončila až v dubnu 2009.